許多固氮微生物，尤其是共生固氮的根瘤菌，均有固氮酶，它們在常溫常壓下即可將氮轉(zhuǎn)化為氨，根瘤中固定的氮可以全部為植物吸收利用，所以其利用率比化學(xué)氮肥高得多。這些優(yōu)質(zhì)氮素化合物可以供給豆科植物一生中的主要氮素需要。如果根瘤菌肥料中使用的是經(jīng)過選育優(yōu)良菌種，加之制品中的數(shù)量優(yōu)勢，在與土著（野生）群體根瘤菌競爭當(dāng)中占據(jù)有利位置，不僅可以取得增產(chǎn)增收的效果，而且可以節(jié)約大量的氮素化肥。減少環(huán)境污染和節(jié)約生產(chǎn)成本。

長期單純施用單質(zhì)化肥，使土壤微生物被抑制，有機質(zhì)含量逐年下降，化肥殘留，造成土壤板結(jié)，透水性、透氣性和吸光性變差，保肥能力降低。

單質(zhì)化肥利用率低和易造成土壤板結(jié)的缺點，淋溶、揮發(fā)、徑流和農(nóng)產(chǎn)品中有害物質(zhì)的殘留，不僅給人類生存環(huán)境帶來污染，而且直接危害人體健康。

單純施用化肥，其增產(chǎn)效果已近極限，致使農(nóng)業(yè)投入不斷增加，加重了農(nóng)民負擔(dān)。

其次，要足墑適溫施用。無論在何種土壤上施用，都要有充足的墑情促其迅速分解轉(zhuǎn)化。氣溫在10℃—30℃的范圍內(nèi)肥效較好，當(dāng)氣溫低于10℃或高于35℃時，肥料轉(zhuǎn)化、吸收就會產(chǎn)生障礙。第三，要配套正確施用。一是為了使肥料體現(xiàn)長效與效的持續(xù)效應(yīng)，凡是施用生物有機復(fù)合肥的大田，每畝要配施碳銨30公斤左右，然后再根據(jù)不同作物需要配施其它營養(yǎng)元素，不能用生物有機復(fù)合肥取其它肥料。二是作基肥施用，每畝用量不超過50公斤。特別是塑料大棚種菜的更不能超量施用。三是土壤墑情不足時，施用后要及時抗旱調(diào)墑。